Neben der R9 als Neuheit wird Yamaha für das Modelljahr 2025 auch die R3 neu einkleiden. Auffälligste Änderungen sind der neue mittig platzierte Scheinwerfer mit den flankierenden LED-Tagfahrleuchten und die von der M1 übernommenen Winglets. Die gesamte Karosserie wird leichter und die R3 über einen Zentimeter schlanker. Auch die Sitzbank wird etwas schmaler. Ebenfalls neu sind unter anderem das LCD-Cockpit und die Assist-and-Slipper-Kupplung für sanftere Schaltvorgänge, insbesondere beim Herunterschalten. Zur Ausstattung gehört jetzt unter anderem auch eine USB-A-Buchse.